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2024-08-02
加州大学伯克利分校的科学家们在Methanoperedens(一组分解土壤、地下水和大气中的甲烷的古生菌)中发现了不寻常的DNA结构,这些结构似乎可以提高生物体的新陈代谢率。他们将这些遗传元素命名为“博格”,因为其中的DNA包含从许多生物体中吸收的基因。
加州大学伯克利分校的JillBanfield教授及其同事研究微生物活动如何塑造大规模的环境过程,以及环境波动如何反过来改变地球的微生物组。
作为他们工作的一部分,他们定期对不同栖息地的微生物进行采样,以了解微生物正在利用哪些有趣的基因来生存,以及这些基因如何影响关键元素(如碳、氮和硫)的全球循环。
他们研究细胞内的基因组以及被称为染色体外元件(ECE)的便携式DNA包,它们在细菌、古生菌和病毒之间转移基因。
这些元素使微生物能够迅速从邻居那里获得有益基因,包括那些只有远亲关系的基因。
在研究从加利福尼亚季节性湿地池土壤中取样的甲烷操作菌时,研究人员发现了一种全新类型ECE的证据。
与构成大多数质粒(最知名的染色体外元件类型)的DNA环状链不同,新的ECE是线性的并且非常长——高达整个Methanoperedens基因组长度的三分之一。
在分析了加利福尼亚和科罗拉多州地下土壤、含水层和河床中含有消耗甲烷的古细菌的其他样本后,他们发现了总共19个不同的ECE,他们称之为Borgs。
使用先进的基因组分析工具,该团队确定Borgs中的许多序列与实际Methanoperedens基因组中的甲烷代谢基因相似。
一些博格人甚至编码了所有必要的细胞机器来自己吃甲烷,只要它们在可以表达基因的细胞内。
“想象一个能够消耗甲烷的单细胞,”加州大学伯克利分校的研究员KennethWilliams博士说。
“现在你在那个细胞中添加可以并行消耗甲烷的遗传元素,并添加赋予细胞更高容量的遗传元素。”
“如果你愿意的话,它基本上为类固醇消耗甲烷创造了条件。”
作者假设Borgs可能是整个微生物的残留碎片,它们被Methanoperedens吞噬以帮助新陈代谢。
基于序列的相似性,被吞噬的细胞可能是Methanoperedens的亲戚,但在Borgs中发现的基因的整体多样性表明这些DNA包是从广泛的生物体中同化的。
“有证据表明,不同类型的Borgs有时会在同一个宿主Methanopreredens细胞中共存,”班菲尔德教授说。
“这开启了博格在世系间传播基因的可能性。”
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