研究人员从已灭绝的塔斯马尼亚虎中提取RNA并进行测序

来自斯德哥尔摩大学、挪威北极大学、隆德大学和卡罗林斯卡学院的科学家从博物馆室温干燥保存的130 年前袋狼 (Thylacinus cynocephalus) 的肌肉和皮肤组织中提取、测序和分析了历史RNA收藏。

袋狼，也被称为塔斯马尼亚虎或有袋狼，是一种肉食性有袋动物，是塔斯马尼亚的顶级掠食者。

该物种是少数两性都有育儿袋的有袋动物之一。

袋狼看起来就像几种动物的混合体。它的大小和形状与中型到大型狗相同，但下背部有老虎般的条纹，还有一个腹袋。

化石记录显示，袋狼大约在四百万年前出现在澳大利亚。到了 20 世纪，它在大陆已经灭绝，或者说极其罕见，但在澳大利亚南部海岸附近的岛州塔斯马尼亚仍然有发现。

袋狼的灭亡可直接归因于 1830 年至 1914 年实施的赏金计划，该计划导致数千只动物被杀害，间接归因于农业活动导致其栖息地的丧失。

最后一只已知的袋狼于 1936 年在塔斯马尼亚州霍巴特的博马里斯动物园死亡，人们对该物种的自然行为知之甚少。

最近的反灭绝工作主要集中在袋狼身上，因为它在塔斯马尼亚的自然栖息地仍然大部分得到保存，而它的重新引入可能有助于恢复其最终消失后失去的生态系统平衡。

然而，重建功能性活袋狼不仅需要全面了解其基因组 (DNA)，还需要了解组织特异性基因表达动态以及基因调控如何发挥作用，而这些只有通过研究其转录组 (RNA) 才能实现。

“复活袋狼或猛犸象并不是一项简单的任务，需要对这些著名物种的基因组和转录组调控有深入的了解，而这一点现在才开始被揭示，”主要作者埃米利奥·马尔莫尔博士说，斯德哥尔摩大学研究员。

在他们的研究中，Mármol 博士及其同事从瑞典自然历史博物馆的 130 年前干燥袋狼标本的肌肉和皮肤组织中提取了转录组并进行了测序。

这导致了组织特异性基因表达特征的鉴定，这些特征类似于活体有袋动物和胎盘哺乳动物的基因表达特征。

恢复的转录组质量如此之高，以至于可以识别肌肉和皮肤特异性蛋白质编码 RNA，并导致对缺失的核糖体 RNA 和 microRNA 基因进行注释，后来遵循 MirGeneDB 的建议。

“这是我们第一次看到袋狼特异性调节基因的存在，例如一个多世纪前就已经灭绝的 microRNA，”斯德哥尔摩大学的 Marc R. Friedländer 博士说。

这项研究为探索世界各地博物馆储存的大量标本和组织提供了新的令人兴奋的机会和启示，其中的 RNA 分子可能等待被发现和测序。

斯德哥尔摩大学的教授说：“未来，我们不仅可以从灭绝的动物中回收RNA，还可以从博物馆收藏的蝙蝠和其他宿主生物的皮肤中回收RNA病毒基因组，例如SARS-CoV2及其进化前体。”洛夫·达伦教授。

该研究发表在《基因组研究》杂志上。