在患者样本中发现了三十多种新细菌

未知细菌在医院里很常见。巴塞尔大学的研究人员花了多年时间收集和分析它们。他们发现了许多新的细菌种类，其中一些对临床实践具有重要意义。

如果知道病因，就可以更有效地治疗细菌感染。在大多数情况下，识别病原体只需在医学实验室进行分析即可。然而，有时标准方法是不够的——例如，如果细菌的种类尚未分类或特别难以生长。

巴塞尔大学和巴塞尔大学医院的一个团队自 2014 年以来一直在收集和分析含有此类未知细菌的患者样本。研究人员发现了 30 多种新细菌，其中一些与临床相关感染有关。

完整的遗传分析

总体而言，由微生物学家 Daniel Goldenberger 博士领导的团队分析了在患有多种疾病的患者的血液或组织样本中发现的 61 种未知细菌病原体。传统的实验室方法，例如质谱法或对细菌基因组的一小部分进行测序，未能对所有这些分离株产生结果。这就是为什么研究人员使用了几年前才出现的方法对细菌的完整遗传物质进行了测序。然后，他们在在线工具中将识别出的基因组序列与已知菌株进行了比较。

在分析的 61 种细菌中，有 35 种是以前未知的。研究人员将其余 26 种菌株归类为难以识别：要么它们的基因组序列最近才被添加到数据库中，要么在很短的时间内才创建了病原体的正确分类学描述。对患者数据的评估显示，35 种新菌株中有 7 种具有临床相关性，这意味着它们可以引起人类细菌感染。“新发现的细菌种类与其临床相关性之间的这种直接联系过去很少被发表，”戈登伯格博士说。

罕见感染的原因

大多数新发现的物种属于棒状杆菌属和沙氏杆菌属，均为革兰氏阳性杆菌。“这两个属的许多物种都存在于天然的人类皮肤微生物组和粘膜中。这就是为什么它们经常被低估，而且对它们的研究也很少，”戈登伯格博士解释说。然而，当它们进入血液时，可能会引起感染——例如，由于肿瘤。

其中一种难以识别的病原体也可能与临床相关。在一名被狗咬伤的患者发炎的拇指中发现了这种物质。加拿大的一个研究小组最近也在狗或猫咬伤造成的伤口中分离出了这种细菌。“这使我们认为这是一种我们需要监测的新出现的病原体，”戈登伯格博士说。加拿大研究人员在 2022 年将这种细菌恰当地命名为Vandammella Animalimorsus(动物咬伤 Vandammella)。

为新物种命名也是巴塞尔团队待办事项清单上的下一个项目。他们正在与根特大学细菌分类专家 Peter Vandamme 教授密切合作。其中两种细菌已经被命名。其中之一是三区假棒杆菌(Pseudoclavibacter triregionum) ——指的是巴塞尔靠近瑞士、法国和德国边境的位置。

然而，丹尼尔·戈登伯格团队启动的项目还远未完成。研究人员继续系统地收集和测序巴塞尔大学医院患者样本中发现的未知病原体——已经检测到另外二十多个新物种。“我们注意到这里的一个主要动态：由于细菌学的技术进步，更多关于新发现的细菌种类的文章正在发表，”戈登伯格博士解释说。这一进展将使未来更容易正确诊断罕见病原体引起的感染并从一开始就对其进行有效治疗。